Pourquoi les virus (et coronavirus) sont-ils si difficiles à traiter par rapport aux bactéries?

Sergi Maicas Prieto, Universitat de València

Toux, nez qui coule, fièvre, douleurs musculaires? Nous visitons un service médical pour obtenir un diagnostic fiable et, si possible, un remède efficace et rapide. Si l’origine est bactérienne, nous avons eu “un peu de chance”. Quelques doses d’antibiotiques nous ramènent généralement à un état normal en quelques jours ou semaines. Au contraire, lorsque l’origine est virale, la situation est compliquée. Nous n’avons pas d’arsenal antiviral au même niveau, ni en quantité ni en efficacité. Le système immunitaire est, à maintes reprises, notre seul allié.

Infections bactériennes

Bien qu’ils soient généralement confondus, les deux groupes de micro-organismes sont radicalement différents et nous ne devons pas les mettre dans le même sac. Les bactéries sont des organismes vivants unicellulaires qui n’ont pas de noyau défini (procaryotes), contrairement aux cellules humaines (noyaux, eucaryotes).

Lorsque les bactéries vivent avec nous, elles font partie de ce que nous appelons le microbiote. Il y a des dizaines de milliers d’espèces qui font partie de ce concept, de telle manière que nous pouvons le considérer comme un organe de plus de notre corps. Ses gènes (microbiome) fournissent près de cinquante fois plus d’informations génétiques que ce que nous avons dans les cellules strictement humaines de notre corps. La coexistence est généralement pacifique et nos cellules nucléées et nos bactéries coexistent.

Nous connaissons assez bien nos bactéries, nous pouvons contrôler leurs mécanismes pathogènes et lutter contre les maladies qu’elles provoquent. Le traitement d’une maladie bactérienne, si vous avez un antibiotique approprié, peut être relativement abordable. À l’exception de certaines infections graves provoquant une pneumonie ou une tuberculose, ou celles causées par des bactéries multirésistantes, une antibiothérapie adéquate neutralise l’action bactérienne.

Infections virales

Les virus sont autre chose. Ce sont des agents infectieux qui ont inexorablement besoin de parasiter une cellule vivante qui leur fournit un abri pour survivre et se reproduire. Comme pour les voyageurs humains, chaque virus choisit un type d’hébergement, qu’il sélectionne plus ou moins spécifiquement.

Lorsqu’un virion (c’est-à-dire un virus en phase extracellulaire) possède la clé de la serrure qui permet d’accéder à la cellule, la porte s’ouvre et une infection virale se déclenche. Une fois qu’ils ont envahi les cellules humaines, ils prennent le contrôle de leurs machines pour leur propre bénéfice, au prix d’une destruction totale ou partielle de l’hôte lui-même. Et pour cela, ils utilisent de multiples stratégies, qui sont également beaucoup plus variables que celles des cellules.

La mauvaise chose est que les antibiotiques ne les chatouillent même pas. Lorsqu’ils sont mal utilisés – c’est-à-dire pour traiter une infection virale – leur effet sur notre corps est d’affaiblir nos alliés bactériens. À l’exception des exceptions dans lesquelles les virus et les bactéries nous attaquent de manière coordonnée, l’utilisation d’antibiotiques face à une maladie virale affecte négativement notre santé.

Avons-nous déjà des traitements antiviraux?

S’il n’y a pas de pathologie antérieure, ou si notre système immunitaire est affaibli par une autre cause, les conséquences d’une virose peuvent être légères, comme cela arrive avec le rhume. Notre corps réagit simplement et résout le problème de manière autonome. Elle ne représente qu’une semaine de faiblesse généralement atténuée par des traitements symptomatiques (analgésiques).

Pour lutter contre des virus plus agressifs, avec des pathologies associées plus graves, nous disposons de certains antiviraux. Surtout après le bagage que le sida nous a apporté, ce qui a augmenté le nombre et la variabilité des antiviraux disponibles. Chacun ne peut être appliqué qu’à des types spécifiques de virus, car les mécanismes d’action de chaque virus sont différents.

L’objectif d’un antiviral est essentiellement d’inhiber la réplication du virus. Chaque médicament tente cela à un stade différent, bloquant l’adhésion du virus à la cellule, la pénétration, la copie de son acide nucléique, la synthèse de nouvelles protéines ou la maturation / libération de nouvelles particules infectieuses. Toutes les stratégies visent uniquement à donner à notre système immunitaire le temps de rattraper son retard et de combattre la maladie de l’intérieur.

Antiviraux ou vaccins contre le coronavirus?

Le SIDA peut être traité par l’administration d’antirétroviraux, attaquant une protéine spécifique qui permet au virus de se répliquer. Cependant, contre d’autres virus respiratoires tels que le coronavirus ou la grippe, cette stratégie n’est pas possible. À l’heure actuelle, pour lutter contre le coronavirus, des antiviraux efficaces sont administrés avec compassion contre d’autres virus comme Ebola, Marburg ou MERS.

Par compassion, nous entendons que son utilisation est autorisée pour une indication non prévue dans sa fiche technique, sans certitude absolue qu’elle servira. Nous nous référons à des composés comme REMDESIVIR, OSELTAMIVIR ou RITONAVIR, qui sont testés dans les hôpitaux pour traiter la pandémie. Même les traitements contre le paludisme comme la CHLOROQUINE semblent avoir un effet positif.

Si les prévisions actuelles se confirment dans quelques mois, nous aurons des vaccins contre ce coronavirus. Et oui, en général contre les virus, nous devons utiliser chacun des vaccins disponibles. Il n’y a qu’une seule prise, et c’est que, comme les virus mutent constamment et inexorablement, il est impossible d’avoir des vaccins efficaces à 100%.

Si nous sommes déjà immunisés par une exposition antérieure ou si nous avons un vaccin (comme la grippe), nous sommes confrontés à un scénario connu. Face à la pandémie causée par un nouveau virus comme le SRAS-CoV-2, cependant, nous en avons un plus imprévisible. La capacité de réaction est moindre et jusqu’à ce que des vaccins soient disponibles ou qu’une grande partie de la population soit immunisée par exposition, les effets sont inconnus.

À ce stade, j’ai quelques doutes. Si dans quelques mois, voire des années, nous aurons un vaccin contre le nouveau coronavirus, l’obtiendrons-nous? Y aura-t-il également des mouvements anti-vaccin contre le coronavirus? Les questions restent en suspens.

Sergi Maicas Prieto, Professeur du Département de microbiologie et d’écologie. Directeur du Master en biologie moléculaire, cellulaire et génétique, Universitat de València

Cet article a été initialement publié dans The Conversation. Lisez l’original original.